黃世銘被控在司法關說案於去年9月5日偵結前，二度將案情報告總統馬英九，遭台北地檢署依刑法洩密罪、違反通訊保障及監察法起訴，成為司法史上首位因刑案被起訴的檢察總長。
他的檢察總長任期在4月18日屆滿，他曾說過若一審遭判有罪就請辭，不管如何判決，他無愧總長職務，也不辜負對人民的許諾。
本案主要爭點在於，黃世銘報告馬總統、行政院長江宜樺，是否構成洩密、違反通保法，黃世銘提供的專案報告檢附當事人通話內容是否違反個資法。
法院審理時，他強調揭發「史上最大司法醜聞」，但司法關說案屬於行政不法是「鐵的事實」，他向總統報告口頭也未提到後續偵查作為。但北檢主張，黃世銘報告總統並非基於公益，動機可議，擾亂憲政秩序又恣意曲解法律，造成政治動盪。