法院表示，郭毓龍涉嫌未經旅長楊方漢同意前，在民國102年6月28日上午10時16分將洪仲丘收入禁閉室，且郭毓龍本應檢查洪仲丘的軍人身分證、禁閉三聯單、體檢表及連級人評會資料，但542旅送洪仲丘禁閉時，欠缺人評會資料，郭毓龍卻仍同意關禁閉。
判決書指出，郭毓龍身為陸軍269旅禁閉室憲兵官，對接收其他單位送請執行禁閉處分的悔過生，負有第一線審查的義務，且明知需經旅長楊方漢審核後，才能接收其他單位悔過生。
但郭毓龍為圖便利，無視楊方漢在會議中叮嚀，在楊方漢批准前，先行將洪仲丘提前收入禁閉室，且在文件審核時，並未檢附人評會資料，卻仍同意收入洪仲丘。
桃園地院審理後，考量郭毓龍犯後否認犯行，依公務員假借職務上之權力私行拘禁，處拘役30天；又犯共同公務員假借職務上權力私行拘禁，處有期徒刑3月，全案可上訴。