不過，中國民族問題專家、網友和海外維吾爾人組織「世界維吾爾代表大會」均指出，導致新疆分離主義盛行和暴力活動，正是當局在新疆採取高壓、歧視所造成，中國政府應負最大責任。
美使館稱「暴力行為」
繼美國有線電視新聞網（ＣＮＮ）以加註引號對官方說法予以保留後，美國駐中國大使館也透過微博譴責血案為「可怕且毫無意義的暴力行為」，並向這場「悲劇」的罹難者家屬表示哀悼。然而，大使館聲明未將本案定位為恐怖攻擊，引發中國網友不滿。有網友說：「如果你說昆明攻擊是『可怕且毫無意義的暴力行為』，那麼九一一也可以被稱作『令人遺憾的交通事故』。」
中國現代國際關係研究院反恐專家李偉，也指責美國媒體「為實施昆明恐怖襲擊的恐怖份子來辯護」，無疑和恐怖份子站到同一陣線。復旦大學學者沈逸也透過微博表示強烈抗議。
學者憂新疆巴勒斯坦化
另一方面，歐盟也在聲明中未用「恐怖攻擊」字眼。歐盟外交政策首長艾許頓二日透過發言人就昆明三○一事件發表聲明，指出「對如此令人髮指的罪行深感震驚」。中國民族問題專家王力雄則警告，新疆目前正處於「巴勒斯坦化」過程，新疆問題愈演愈烈，和北京在新疆開展的「反分裂鬥爭」幾乎同步。
香港「明報」評論表示，此次兩會所面臨的前中共政法委書記周永康案和霧霾污染等議題，都是當局尚未準備應對的棘手問題，昆明血腥恐襲反讓北京有解套機會，順勢轉移外界焦點，讓兩會主題著重「反恐」，中共第十八屆三中全會設立的國家安全委員會，便可趁機「站上前台」。