內政部開發建置新一代戶役政資訊系統，並訂於103年2月5日上午8時起正式上線。經市府進行新系統功能驗證作業後，發現新系統部分功能無法正常運作，其中最大問題為無法辦理異地受理相關業務，以及以儲存資料勾稽不到等資料遺失問題。
市府民政局已彙整各區戶政事務所陳報之相關問題，發函內政部針對新系統提出4點改善建議：1、建議全國規費系統與戶政系統先暫行脫鈎，看是否有效降低系統負載，增加系統處理效率。2、檢視系統工作站上傳下載頻寬問題，如為頻寬問題，請立即增加頻寬容納工作資訊量。3、如資拓公司於本週五上班日結束前仍無法有效解決當前問題，請內政部當機立斷，先轉回舊系統處理業務，再雙軌並行，依業務別逐步轉換。4、目前本市所發現最大問題為無法辦理異地受理相關業務，以及以儲存資料勾稽不到等資料遺失問題，請內政部檢視系統負載平衡問題，緊急增加硬體設備因應。
另外，民政局在保障市民權益、提供優質便民服務的前提下，亦當機立斷自2月5日起，採取下列緊急應變方式：凡於臺南市申辦戶籍登記案件，戶政事務所均留存相關紙本申辦資料，待新戶政系統穩定後由戶政人員逐一核對，確保民眾權益。臺南市各區戶政事務所主任、幹部及所有同仁均通力合作為民服務，全天候加開受理櫃檯因應。主任及幹部於第一線向民眾解說，爭取民眾理解與體諒。新系統上線至今尚未完全穩定，民眾至戶所申辦案件如未能順利完成，為避免造成民眾不便或負擔，由戶政事務所以先行收件方式處理，並依民眾需求將辦理完畢之文件、證件以郵寄或專人送達，因此所衍生之行政成本由市府吸收。
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