商總理事長改選發生爭議，前任理事長張平沼和新當選的理事長賴正鎰2派相持不下。
內政部10日舉行記者會，表示商總理、監事選舉應選出理事45人、監事15人，卻選出理事51人、監事17人，但商總迄今無法說明理由，內政部因此不予核備選舉決議；且選舉時有候補理、監事參與領票、投票，甚至當選為常務理、監事，不符法律規定。
基於上述理由，內政部認為選舉過程有瑕疵及爭議，因此不發給商總理事長當選證明書，商總第9屆理、監事選舉應重新改選、採取訴願或法律訴訟。內政部次長蕭家淇說：『(原音)選舉過程裡面，主席宣布應選51席，但是法律規定應選45席，因為主席宣布違反法律規定，也造成投票行為誤導，導致損害會員代表的選舉權跟被選舉權；第二個就是有一些候補的理、監事反而當選常務理事，候補理、監事是不能參與投票，也沒有常務理事的選舉資格。』
蕭家淇表示，依照「人民團體法」第32條的規定，若商總無法召開大會或理事會，內政部會指定1名理事開會重新選舉。
蕭家淇表示，內政部會給商總一段時間，讓他們重新選舉，至於何時指定理事開會重選，還須視法律訴訟程序和商總內部行政程序而定。