為加強監督遠通電收改善扣款系統，交通部高公局委託中華運輸學會，由交通大學退休教授黃台生擔任召集人，成立「計程電子收費系統重複扣款稽核委員會」，自2月1日起至4月30日執行稽核作業。
高公局副局長吳木富表示，委員會建立了2項關鍵績效指標(KPI)，一是針對單一門架抽樣，正確率須達到99.9%；另一個則是針對全日的車輛抽樣，正確率須達到99.98%，若未通過任一項KPI值，每日將裁罰新台幣50萬元。吳木富說：『(原音)1個門架大概會抽10分鐘，10分鐘大概它的車流量我們假設用300來估算的話，因為有高有低啦，那等於這300部車是單一門架的母體，但是單一門架的300部車，要看經過幾個門架，那我粗估如果是10個門架，等於會有3,000個交易數，3,000個交易數我就用千分之一；也就是說，它如果超過3筆，就是達不到了，那2,100部車如果萬分之二，就是如果超過4筆以上，它就是沒有達到指標。』
高公局也表示，稽核程序必須等扣款完成並調閱資料，再由委員會開會討論後才算完整。舉例來說，2月1日的資料要等2月4日扣款完成、2月8日完成資料調閱整理，委員會再開會討論，所以開罰時間將由委員會決定。