建議書中指出，目前食安、環毒等相關業務，分散在衛生福利部食品藥物管理署、農業委員會動植物防疫檢疫局、環境保護署、經濟部標準檢驗局、勞工委員會等單位，橫向聯繫不足。
建議書以塑化劑事件、戴奧辛污染等事件為例，陳述政府各單位未能即時整合，掌握化學品、污染的源頭，顯示現行組織架構、管理、應變能力不足。
中研院邀集相關學者專家，提出修正政府組織架構的建議，呼籲由行政院副院長召集「食品安全及環境毒物督導會報」，並聘請專業人員設立常設專案辦公室，負責協調各單位並扮演專業幕僚角色。
建議書期盼政府參考歐盟「新化學品政策」的內容，以毒性物質的預防危機處，確認製造商、進口商、下游使用者在製造、買賣、使用化學物質時，都不會對人體健康及環境產生不良影響。書中並詳細畫出組織架構修正建議圖。
另外，建議書明確建議國家衛生研究院國家環境毒物研究中心，進行「總體環境流布調查（含空氣、水體、底泥、土壤、生物體等）」、「總體健康風險評估（含一般國民及勞工族群）」、「毒性物質禁限用評估」等工作。