批監院以行政手段干預司法
法界人士指出，除了林毅夫，駕機叛逃的黃植誠、李大維、林賢順等人，也都曾任中國黨政軍要職；投敵犯行牽涉到軍人對國家忠誠的核心價值和國人生命財產安全，不容許模糊空間。且根據大法官釋字第六十八、八十及一二九號等三次解釋，都認為，叛亂犯未脫離叛亂組織，就是叛亂的繼續犯，因此林毅夫當然是繼續犯。
此外，林毅夫現為中國全國政協常委，任職中共黨政機構，因投敵犯行仍繼續進行，犯罪行為尚未終了，故追訴權時效還未開始起算，應自投敵行為終了之日，才起算追訴權時效，追訴權時效最長可達卅七年六個月。
東吳大學政治系副教授吳志中表示，林毅夫叛國事實俱在，犯行攸關國民安全和軍方士氣，監委此舉恐有總統馬英九意志，欲透過監察院出手，想縱放林毅夫；他建議，馬應對歷史負責，若想放過林毅夫，乾脆直接特赦叛國賊，讓馬英九名留青史。
法學見解問題 監院管這幹嘛？
吳志中還說，監察院約詢法務部官員所附帶的學者意見，並未正反並陳，顯然監委有特定立場，擺明是替林毅夫解套；而且全案正由金門高分檢偵查中，監察院以行政手段干預司法，直接把手伸入皇后的貞操。
吳志中表示，中國對我仍存敵意，為捍衛國家安全，絕不能輕易解除對林毅夫叛國通緝令，馬政府此舉犯了極大的政治錯誤，陷國人安危及國家尊嚴於不顧。
台大法律系教授李茂生也說，林毅夫投敵絕對不是狀態犯，通緝時效停止問題雖有爭論，但這是法學見解問題，不是官箴問題，「監察院管這幹嘛？」檢方發現不法，應主動偵辦，涉嫌重大予以起訴，嫌犯未到案則予通緝；至於到案、起訴後是否逾追訴時效，應由法院認定，「和監察院有什麼關係？」
通緝、追訴時效 應由法院認定
他說，即使林毅夫尚未落網，法律原則仍在，有同類型判例、判決可查，監察院應自行先查清楚法院的見解，除非監院確知林毅夫的狀況已不能追訴，檢方仍強行追訴，再來追究強行枉法追訴林毅夫的檢察官責任；何況，刑法也有「濫權追訴」罪，若真發生檢方強行枉法追訴，也應由檢察官來起訴檢察官，「監察院連功課都不做，就約詢法務部，很奇怪」。
要解決林案 須中國先承認台灣
前民間司改會董事長黃瑞明律師認為，林案是政治問題，且與兩岸關係有關，林的通緝問題能否解決，取決於兩岸敵對關係是否持續；目前兩岸關係看似和緩，但其實並非真正的和解，在中國承認台灣是具有主權的政治實體之前，硬要解決林的通緝案，只會衍生更大問題。
曾任台北律師公會理事長的黃瑞明觀察，林毅夫能當到世界銀行副總裁，並非憑其個人本事，而是中國高層刻意栽培的結果。因此，林的通緝案具有高度政治性，如要解決，中國要先承認台灣的國際地位，雙方才可能立於平等基礎上和解，並討論相關案件的解決之道。