最高檢預算原列新台幣2億2513萬4000元，刪除檢察總長年終工作獎金43萬1000元、最高檢察特別偵查組加班費75萬元等，共刪除432萬2000元。
此外，朝野立法委員都提案凍結特偵組預算1/2，須向立法院司法及法制委員會報告後才可解凍。
提案凍結特偵組預算的中國國民黨籍立委王惠美表示，特偵組權限與一般檢察署重疊，欠缺有效監督機制，多數民眾支持廢除，顯無存在必要；國民黨籍立委呂學樟表示，特偵組違法監聽國會，戕害民主法治，損害司法威信；民主進步黨籍立委尤美女、吳宜臻及台灣團結聯盟立法院黨團都認為特偵組應廢除。