高速公路局說，原本對遠通電收有定期查核，因計程剛上路，初期系統調校時難免發生狀況，外界有較多疑慮，決定提前做不定期查核。
高公局將就用路人最關心的儲值、扣款金流部分，及資安做抽查。
高公局將實際抽查用路人儲值後，銀行專戶與遠通電收扣款是否相符，門架扣款與車輛、路段是否一致。資安部分則了解遠通先前遭駭客攻擊後，設置防火牆改善情形。
高公局說，不定期抽查隨時都會進行，尤其在扣款部分，工程浩大，不會一天就結束。
國道計程收費去年12月30日上路，前3天免費，今年1月2日開始以計程費率扣款，但1月2日、3日發生系統調校時，有121件重複扣款案，遠通電收原本只退費，但外界壓力大，最後決定重複多扣部分，加倍還給用路人。