施行數十年的軍事審判法在去年完成修法，規定承平時期軍人犯罪全歸一般司法程序審理，只有在戰時觸犯軍事相關特別法時，才適用軍事審判。因此，國防部陸續將現有的軍事案件及軍方人犯移撥到司法機關，其中備受矚目的是被國防部依「投敵叛逃罪」通緝的世界銀行前副總裁林毅夫。
有檢察官指出，如果按照舊刑法規定，通緝時效是20年，林毅夫叛逃至今已經超過35年，因此可能會撤銷對林毅夫的通緝。
對此，陸委會主委王郁琦13日受訪時表示尊重司法機關的決定。法務部政務次長陳明堂則指出，林毅夫案已經轉撥到金門高分檢審理，法務部尊重金門高分檢對個案的認定。陳明堂說：『(原音)按照事前的約定，那是把案件送到金門高分檢，我們由金門高分檢來全權處理。因為當時案發地在金門，案件是屬於二審管轄案件，所以就由金門高分檢來決定。』
金門高分檢書記官長洪建銘則表示，檢察官將開始查看卷證，至於是否有取消通緝的空間，洪建銘表示不便說明。陳明堂說：『(原音)目前我們就這一案正在處理，當然會有檢察官來做閱卷跟處置。』
金門高分檢態度低調，但有司法機關認為林毅夫通敵行為並未消失，因此未來可能繼續發布通緝。
在國防部軍審機關陸續完成2階段移交作業後，非戰時期的軍事審判將正式走入歷史。