檢察官認定有毒廢水嚴重影響高雄後勁溪整體生態環境及流域內農田、魚塭，依涉犯刑法流放毒物罪及廢棄物清理法，起訴廠務處長蘇炳碩、廢水組主任蔡奇勳、廢水組專案工程師何登陽、廢水組工程師游志賢、劉威呈等人。
檢方認為，日月光負責人張虔生、行政副總林顯堂事前不知、也未指示違法排污，因此對日月光高層不起訴。
不過檢察官認為，雖然無從對張虔生等高層課以刑事責任，但日月光是否應承擔相關行政、社會及道德責任，宜由行政機關及輿論評價。
檢察官並在起訴書告誡日月光與負責人張虔生，應以「永某氏之鼠」為鑑，不可有「因天下之力以生日月光之財，取天下之財以供日月光之費」的心態。
永某氏之鼠一文，大意是有大宅主人因生肖肖屬，而對老鼠偏愛，要求部屬與家人不得撲殺老鼠，老鼠因而橫行倉廩飽食，毫無忌憚。原主人搬走後，新主人要求滅鼠，鼠群因長久喪失警惕，被殲滅殆盡。柳宗元藉此告誡世人，為禍者固能一時不被制裁，但好運不可能長久。 【影音】日月光排汙案偵結 董座張虔生不起訴》》