現行條文規定，為輔導未登記工廠合法經營，中央主管機關應會商有關機關擬定相關措施辦理；輔導期間自本法修正施行日（99年6月2日）起7年。
初審通過條文也延長既有未登記工廠補辦臨時登記時間規定，97年3月14日前既有低污染未登記工廠，符合環保、消防、水土保持等法律規定者，得於104年6月2日前，向地方主管機關繳交登記回饋金，申請補辦臨時工廠登記。
經補辦臨時登記工廠，應在109年6月2日前取得土地及建築物合法使用證明文件，屆期未取得者，補辦的臨時工廠登記證明文件自屆滿隔天起失去效力。
不過，中國國民黨籍立法委員丁守中質詢表示，台灣有6萬多家非法工廠，工廠管理輔導法給予一定改正緩衝期，但政府根本沒積極輔導，妥善管理污染、廢棄物排放等問題，給這些工廠7年緩衝期等於給7年污染期。
經濟部次長卓士昭答詢說，主管機關輔導時，都會要求這些工廠符合消防、環保等規定。
主管相關業務的經濟部中部辦公室主任許茂新表示，目前有2500多家工廠取得臨時登記證，希望修法能納管這些工廠，輔導這些工廠合法化。