農委會回顧民國91年加入世貿組織（WTO）以來，市場開放對台灣農業有一定程度影響，農業產品進口值增加，自91到101年成長率分別為3.5%、10.2%、13.2%、5.6%、0.8%、10.9%、15.9%、-17.1%、27%、16.3%、-1.4%。
糧食自給率（以熱量計）下降，自90到101年，分別為34.6%、35.6%、34.1%、32.1%、30.2%、32.1%、30.3%、32.2%、31.7%、31.3%、33.9%、32.7%。
農產品出口值雖明顯成長，農產品貿易逆差仍呈現增加趨勢，自90到101年，分別為38.32億、36.86億、45.86億、53.08億、57.73億、61.29億、70.22億、82.7億、68.38億、87.39億、101.78億、95.52億美元。
同時農業產值呈現增長，農業GDP上升，自90到101年，分別為-8.18%、-0.11%、-2.55%、3.87%、2.67%、0.92%、-3.04%、5.32%、6.69%、4.27%、11.63%、5.63%，年成長率（複利計算）為3.46%。
農家所得保持正向成長，91到101年年成率複利計算為1.47%，其中91年的農家所得每戶新台幣86.077萬元；，101年為99.565萬元。
不過，農業勞動力則呈現減少，且高齡化趨勢，對比入會前90年全國農業就業人口為70萬6000人，占該年全國總就業人數的7.5%；101年全國農業就業人口數降為54萬4000人，占同年總就業人口數的5%，而且65歲以上人數占17.1%，相較於90年的10.7%明顯增加。
回顧台灣農業發展史，陳保基認為，「台灣加入WTO到現在，其實農業並沒有很認真的去做調整，所以問題不在於加入國際組織，而是我們要做體質調整。」
他並說，台灣的土地及糧食自給率都不足，還那麼多土地休耕（因應加入WTO，開放稻米進口而調降稻作生產面積）、補貼，「自91年至今都沒碰，這是必須要做調整。」
未來加入TPP後，他評估，除了稻米等幾項很重要的農產品，會爭取降稅延長時程之外，所有農產品都會免稅，一定會比加入WTO之後還有課進口稅的現在，面臨更大衝擊。
他強調，所以要趁現在還有機會，在自由經濟示範區執行免稅進口原料在台加工後出口，提早享受加入「跨太平洋夥伴協議」（TPP）的好處，去開拓跟占據市場；而原料是來自全球，不用怕中國大陸的原料，因為中國也是農產品輸入國，農產品也不夠，不要以為中國農產品會大舉入侵。
陳保基主張的整個農業要調整體質，還包括因應台灣土地小、成本高，要培養、鼓勵年輕人做有競爭力的東西，讓農業的產業結構要更有國際競爭力。
他舉例說明，台灣毛豆輸日的市占率還很高，但日本定有7%關稅，若能免稅，台灣將享受到自由化的好處，不然以後會面臨其它國輸日國享有零關稅的競爭。
他重申，農業是最弱勢會被影響，但台灣農業很好，也會因為輸出到對手國免稅而很強，享受到自由化的好處，重點是「政府要提出產業有國際競爭力的體系跟方法」，加入國際貿易組織，市場自由化是一體兩面的事，不要一天到晚用悲情的態度去看待，「應該用樂觀、積極、建設的政策去改變產業」。
關於全台農產品有30%到35%用於食品加工製造，會否因市場自由化被進口原料取代？他堅信，一定會用到台灣農產原料，還舉例說，若出口值有100億美元，至少也會有20億到30億美元是用國產原料。