媒體報導，有關清境違法民宿拆不拆，「李軟化、蕭強硬 部長次長不同調」。
蕭家淇接受電話訪問時表示，清境違法民宿問題，涉及違章建築與違規使用，必須回歸建築法及區域計畫法的規定辦理，給予業者限期改善時間，目前南投縣政府給業者1個月的時間改善。
他說，業者如果在期限內無法改善，就必須自行拆除或強制拆除，或是停止使用或斷水斷電。
蕭家淇說，相關問題法律都有規定，地方政府會依法有行政作為，不能根據一張災害潛勢地圖就拆除，法律並沒有這樣的授權，一切必須依照建築法、區域計畫法的規定。
他表示，與李鴻源對清境違法民宿處理問題並沒有不同調，內政部的政策步調都是一致的，本來就沒有辦法馬上拆除違法民宿，必須走完法律程序。