高雄市政府環境保護局查出日月光半導體製造股份有限公司高雄K7廠排放廢水到後勁溪，依水污染防治法裁罰新台幣60萬元，並命廠方停工，最快21日發出勒令停工
行政院環保署長沈世宏表示，比照日月光高雄廠稽查處分紀錄，發現其暗管及偷排出現爭議。
環保署環境督察總隊說明，民國95年經濟部加工出口區管理處同意日月光K5、K7、K9、K11申請接管納入污水下水道系統後海洋放流。日月光於申請函中說明，平常不用，在設備維修等需要緊急排放時才用。先向經濟部加工出口區管理處申請排放，且廢水處理至合格後，排至加工出口區揚水站海洋放流。
環保署紀錄顯示，99年4月12日日月光向加工出口區申請4月17日陸放管維修期間，K5、K7廢水排入加工出口區污水下水道系統，所有過程副知高市府環保局。高市府4月22日函日月光及加工出口區，請其依「經濟部加工出口區管理處規定辦理」，並要求事後副知廢水檢測結果。
沈世宏說，顯然高市府已知日月光設有管線連接到加工出口區海洋放流系統，並要求依「經濟部加工出口區管理處規定辦理」排放申請即可，如今卻又稱其為暗管？陳菊應說明澄清。