經濟部指出，日月光位在高雄楠梓加工出口區之K5、K7、K11等3座廠房廢水處理依法由高雄市環保局管理、監督，高市環保局正在調查，經濟部尊重日後的調查結果。
為釐清外界疑慮，經濟部已成立「日月光公司廢水排放處理專案查核小組」，由加工出口區管理處處長黃文谷擔任召集人，邀請環保署等單位推薦公正學者專家擔任查核委員，針對日月光在高雄加工出口區3座廠房的製程、廢水特性、廢水處理功能及操作管理、廢水排放狀況等進行訪視，報告預計在18日之後陸續出爐。
經濟部表示，依照立法院經濟委員會決議，針對領有政府優惠方案卻傷害台灣社會之不肖業者，將於1個月內研擬處置方案，並送至立院經濟委員會參考。