11日立法院經濟委員會排定議程，審查103年度中央政府總預算案附屬單位預算非營業部分關於經濟部主管經濟作業基金含加工出口區作業基金、產業園區開發管理基金、中小企業發展基金、水資源作業基金含溫泉事業發展基金。
在水資源作業基金部分，立委陳明文、簡東明都提到，嘉義與台南的曾文、烏山頭、南化等3座水庫，在莫拉克風災後因為淤積問題嚴重，由政府編列預算持續進行清淤工作，但成效顯然不彰。
水利署長楊偉甫說，在風災發生前後，土石泥砂的清淤量，從每年20萬立方公尺增加到120萬立方公尺。維護3個水庫的經費來源，來自水資源作業基金；水庫的售電收入盈餘也歸入基金中。但因風災關係以及正在進行的排砂隧道建造工程，也會導致水庫發電能量下降，減少基金收入。
陳明文質疑，莫拉克至今每年都編列大筆預算在清淤排砂，但無法解決問題，且曾文水庫上游淤積疏濬工程同樣施作不易，水利署應有對策，否則將危及供水問題。
楊偉甫說，以前採用人工機具怪手、載運方式，清出淤積泥沙：「再過1百年也清不了莫拉克造成的淤積。」目前已經發包的曾文水庫排砂隧道工程，主要目的是用在以隧道排放水庫底部淤積泥砂；但楊偉甫坦言，隧道排砂只能維持曾文水庫在目前的水準，要恢復到莫拉克之前的蓄水量仍不可行。除非將水庫放空、將底部砂石取出，但此方式將耗費大量金錢成本，另一方式則是當上游水量大、水庫水位低時，快速將砂石沖出水庫，楊偉甫說，此方式需要上下游的水位和水量都配合才有可能，目前仍以排砂隧道作為維持水庫不再惡化的主要手段。
簡東明另提及，偏遠地區的民生用水多年來未見改善，許多偏鄉至今仍沒有自來水可使用，楊偉甫回覆時表示，已針對全國各地無自來水地區展開調查，但因調查經費不足，所需時間較長，尚須1年時間調查哪些地方沒有自來水且急迫需要裝設管線，也因鋪設管線經費不足，恐將等2016年才能提出鋪設自來水管線相關計畫。