檢方指出，南仁湖集團為搶標台北車站大樓整建營運及商場租標案，負責人李清波被控在民國95年間，指示他人將2萬美元裝入茶葉罐，交給郭瑤琪。郭瑤琪事後在交通部部務會報對標案關切，涉嫌收賄對價不法。
郭瑤琪遭台北地檢署依貪污治罪條例起訴，李清波等人獲不起訴處分。
法院一、二審都認為，郭瑤琪縱使收受2萬美元，但未對招標案具體指示或影響招標程序，且南仁湖集團最後也未參與投標，認定郭瑤琪收款與職務並沒有構成對價，判決無罪。
但台灣高等法院更一審認定，郭瑤琪收款與職務構成對價，改判有罪。
高院更二審指出，郭瑤琪在交通部部務會報具體指示台鐵局應在招標日截止前召開該案說明會，利用職務上行為及職權影響力，使得台灣鐵路管理局再度通知南仁湖集團，對於投標案的疑慮協調說明。
高院更二審認定，郭瑤琪行為，實際上有助於南仁湖集團決定投標與否，構成職務行為的對價關係，2萬美元並非單純人情關係餽贈，而是賄款，因此判處8年徒刑、褫奪公權4年。最高法院今天駁回上訴，全案定讞。