一般農田遭污染樣態大致可分為非法棄置及周圍工廠灌排污染，相關主管機關權責包含內政部主管區域計畫，經濟部主管不當污染廠址，農田水利會辦理灌溉用水水質監測，行政院環境保護署則是監督農田遭污染後的開罰及整治作為。
監察院財政及經濟委員會通過監察委員程仁宏、楊美鈴調查報告指出，環保署補助地方政府辦理農地土壤重金屬污染改善計畫，未盡職責及效能過低；農委會輔導農田水利會辦理灌溉用水水質監測、農糧署農作物監測管制等執行情形未盡周妥，均有違失，要求行政院檢討改進。
環保署對此說明，土壤及地下水污染整治法從民國89年公布施行，一開始土污法鎖定「污染行為人」，即確有非法排放行為處分或逮到現行犯才可開罰，後因遭污染地多為零星或難以掌握證據，不僅難認定污染行為也難確認「污染行為人」實際做出開罰，污染農地權責由環保署整治，進而造成支應金額龐大。
為了周延污染行為責任歸屬，環保署於99年增修土污法，開始針對「潛在污染責任人」求償，加強「污染土地關係人」責任：對於合法排放工廠、未善盡監督責任的農田水利會等關係人追究求償責任。但此舉也進而使得權責主管機關長期來，不主動提供相關佐證資料的原因之一。
對於監察院所做報告，環保署表示，予以尊重。並說明，從89年以來需整治農地約有3000筆，已有2000多筆農地完成整治。至今年8月31日止，土壤污染經公告列管場址中，有129筆完全未進行改善者，主因為零星土地，整治成本與現況使用評估難衡平（例如現況已不做農地使用或整治成本高且未確認污染行為人及關係人）及仍有發包工程爭議。