特偵組在民國100年間認定李登輝、台綜院創辦人劉泰英等人涉嫌侵占密帳公款779萬多美元，透過洗錢購買台灣綜合研究院辦公室及支付開銷，依貪污、洗錢等罪起訴兩人。
合議庭採信前國安局會計長徐炳強等人證詞，證明時任總統李登輝日理萬機，雖批准奉天專案，但並不知情專案內每筆明細支出等執行細節，僅能證明李登輝知道外交部需把墊款歸還給國安局，且由前國安局長殷宗文執行。
雖然特偵組指出，本案曝光後，殷宗文、徐炳強、劉泰英等人在民國91年3月間鴻禧山莊見李登輝，殷宗文為應付國安局查帳，要求補辦公文遭李登輝拒絕。徐炳強在晉見報告書寫「鞏案經費來龍去脈，我（李登輝）都知道」，檢方藉此認定李與殷、劉謀議。
然而，李登輝否認知情，當時也未簽名確認。合議庭指出，報告書也記載李登輝拒絕補簽公文，但檢方卻對此不置一詞，若李參與謀議，何需拒絕？沒有任何證據證明李登輝知情鞏案餘款流向。
合議庭認定，殷宗文指示不知情的徐炳強將國安局公款750萬美元交給劉泰英，劉泰英再將公款挪給台綜院使用。但考量劉泰英非公務員、款項也非用於自己不法所有，事後還款給國安局，因此減刑，依與公務員共同侵占公有財物罪，判處2年8月徒刑，褫奪公權3年，全案可上訴。
徐炳強在民國95年獲最高法院判處無罪確定。1021115