據該署抽樣分析其利用棉籽產製之有機質肥料，所含粗脂肪比率在合理範圍；另依該公司提供之肥料銷售明細表及棉籽原料領用單所紀錄數量及流向，推斷該公司供作有機質肥料之棉籽，應無流供其他用途。
進口棉籽做肥料使用，經查驗油脂含量與所推估使用量相符
農糧署說明，頂新公司彰化廠於79年取得肥料登記證，依該公司所提供近3年棉籽進口報單及採購單所示，100年至102年進口棉籽975公噸，加上99年底庫存147公噸，合計1,122公噸，其中223公噸轉售苗栗縣飼料工廠，再扣除目前庫存61公噸，實際用於產製肥料原料之棉籽為837公噸。該公司以棉籽混合肉骨粉、菜籽粕、其他渣粕類等調配製成4種有機質肥料計6,460公噸，經核對其使用棉籽數量與產出之有機質肥料估算，應無外流。
農糧署表示，另由粗脂肪含量做比對，該公司使用棉籽產製之2種主力有機質肥料為5,992公噸，佔該公司4種含棉籽肥料總量之93％；以2種主力有機質肥料之棉籽用量13.3-17.5％，以及棉籽(附著棉花)粗脂肪含量13.6％，推算肥料中粗脂肪含量應為1.8-2.4％，而經實際檢驗該2種有機質肥料粗脂肪含量為2.1-2.6％，屬合理範圍。
棉籽作為高氮有機質肥料，棉酚不影響作物生長
農糧署強調，棉籽粗蛋白質含量約36％，其氮肥含量4-6％，有機質含量80-90％，國外普遍作為高氮有機質肥料。棉籽含微量棉酚，棉酚不溶於水及脂肪，分子量大，植物根毛無法吸收，不影響作物生長。棉酚在土壤或介質中，會被微生物逐步分解為水（H2O）及二氧化碳（CO2），無土壤殘留問題。