農糧署說明，頂新公司彰化廠於79年取得肥料登記證，而頂新所提供的近3年棉籽進口報單及採購單顯示，民國100至102年進口棉籽975公噸，加上99年底庫存147公噸，合計1122公噸。
但其中223公噸轉售苗栗縣飼料工廠，再扣除目前庫存61公噸，實際用於產製肥料原料的棉籽837公噸。
農糧署調查所獲悉，頂新以棉籽混合肉骨粉、菜籽粕、其他渣粕類等調配製成4種有機質肥料，計6460公噸，經核對使用棉籽數量與產出的有機質肥料估算，應無外流。
為確認製程沒有壓榨出油，作為他用。農糧署說，還對粗脂肪含量做比對，頂新使用棉籽產製的2種主力有機質肥料為5992公噸，占該公司4種含棉籽肥料總量的93%。
而上述2種主力有機質肥料的棉籽用量占比為13.3%到17.5%，以及附著棉花的棉籽的粗脂肪含量13.6%，推算肥料中粗脂肪含量應為1.8%到2.4%，而經實際檢驗該2種有機質肥料粗脂肪含量為2.1%到2.6%，屬合理範圍。
至於國民黨籍立委李慶華質疑頂新製油官網出現「再由機器壓榨出棉子油」，油去向何處？農糧署接受電訪說明，該廠早期還製作米糠油時，是有壓榨機器及集油設備，但這次查廠發現，已沒有集油設備，只有壓碎有機質肥料原料的壓製機，官網該句話應是早期所寫。