頂新公司驚爆「銅葉綠素」油品，更為進口棉籽廠商之一，讓外界擔憂是否利用棉籽榨油。農委會追查業者進口棉籽流向後今(11)日證實，頂新公司近3年共進口1,122公噸棉籽，其中1成出售給苗栗飼料廠，其餘都添加製成有機質肥料，而肥料中棉酚粗脂肪含量也介於合理範圍；農委會表示，頂新公司進口棉籽做肥料使用，經查驗油脂含量與所推估使用量相符，應沒有流供其他用途。
為瞭解頂新公司利用進口棉籽的肥料使用情形，農委會會同彰化縣政府前往頂新公司彰化廠，查核比對棉籽進口報單、棉籽添加肥料比例及相關銷售資料；農糧署說明，頂新公司彰化廠79年起取得肥料登記證，其中有4款產品能合法添加棉籽；依頂新公司提供的近3年棉籽進口報單及採購單顯示，99年底庫存147公噸、100年到102年進口棉籽975公噸，合計近期共進口1,122公噸棉籽，其中有223公噸是轉售給苗栗縣飼料工廠，再扣除目前庫存內的61公噸後，將棉籽做為肥料原料的數量有837公噸。
農糧署指出，經核對業者使用棉籽數量與產出的有機質肥料估算，頂新進口的棉籽貨源應無外流情況；業者將棉籽和肉骨粉、菜籽粕、其他渣粕類等混合調配成6,460公噸有機質肥料，其中2種主力使用棉籽產製的有機肥料為5,992公噸，棉籽用量13.3%到17.5%，以及附著棉花棉籽的粗脂肪含量13.6%，推算肥料中粗脂肪含量應在1.8%到2.4%，而主力有機質肥料經實際檢驗後粗脂肪含量為2.1%到2.6%，屬合理範圍。
棉籽是國際普遍作為高氮有機質肥料及反芻動物飼料，農委會說明，棉籽雖含有微量棉酚，但因棉酚分子量大而不溶於水及脂肪，並不影響植物作物生長、植物也不會吸收；而棉酚最後在土壤中會被微生物分解，變為水及二氧化碳物質，並不會永久殘留在土壤中。