總統是否適宜兼任黨魁，朝野及學界各有見解。民進黨在陳水扁執政時期運作的實例發現，總統兼任黨魁產生的問題不少，不僅政務繁忙的總統難以兼顧黨務，民進黨在實施黨政同步後，最終仍無法突破國會朝小野大施政受掣肘的結構困境，反招致全面以黨領政，走回威權老路的批評。
尤其，民進黨還面臨一個情況，就是黨主席又參選總統時，在投入總統初選的過程中，黨主席如何保持中立角色、未來如何輔選，都是問題，這也是為何近來綠營內部反省檢討黨主席是否該兼任總統候選人的爭議。
兩千年政黨首度輪替之初，陳水扁自許做個「全民總統」，宣示退出政黨活動，執政之初他淡出黨務運作；但，民進黨逐漸發現未能與聞總統的重大政策決定，自二○○二年開始，因黨政不協調，時任黨秘書長的吳乃仁經常重砲抨擊內閣，民進黨因此在同年修改黨章，明定總統為當然黨主席，期望能落實黨政同步，並迎接陳水扁兼任黨主席所修改的規定。
但是，當年阿扁以黃袍加身姿態兼任黨主席，招致外界以黨領政的批評。當初不贊成黨政合一的阿扁，執政八年期間數度兼任黨主席，但陳水扁國務繁忙，根本難以兼顧黨務，黨秘書長往往成為「地下黨主席」。
總統兼任黨魁，美其名是黨政同步，雖暫時化解黨政不協調的問題，但因總統掌握黨權，也反而弱化了黨的角色；從民進黨經驗可清楚發現，此舉並無法突破實際的執政困境。
民進黨的文化與國民黨有明顯不同，歷來民進黨主席面對敗選時，都會依慣例辭去黨主席，以示對人民負責；陳水扁擔任總統時兼任民進黨主席，也曾為立委選舉的敗選辭去黨魁。但國民黨這次要讓馬英九兼任黨魁到二○一七年，免為明年七合一選舉的可能敗選負責，也因此難逃悠悠眾口。