彭淮南指出，台灣除了經常帳外匯資金進出完全自由，資本帳也開放，外人直接投資和證券投資等資金進出相當自由。
而在自經區的金融業務上，彭淮南說明，將會充分配合金管會，強調OBU和OSU有關業務和金融商品的擴大開放和自由經濟示範區是兩碼子事。
外界質疑的是，對於金融穩定，央行已表態反對任何標的連結新台幣及以新台幣計價的境內金融商品納入自經區，並在書面報告中舉例1997年亞洲金融危機時，無本金交割遠期外匯(NDF)衝擊匯市失序，以及美國雷曼兄弟破產導致金融海嘯等，這樣的示警說法與金管會對金融開放品項意見歧異。
彭淮南強調，會充分配合金管會的政策，但須對開放政策提出示警，若純以市場自由為名，不斷開放新金融商品，卻缺乏適當管理，恐會重蹈無本金交割遠期外匯所引發的衝擊，特別是金融業自有資本少，來自社會大眾的資金運用上更應審慎，否則將危及金融穩定。
另外，金管會主委曾銘宗也緩頰表示，金管會與央行溝通順暢，和彭淮南幾乎天天通電話，關係良好沒有問題，未來政策推行會持續與相關部會溝通取得共識。