農委會追查國內廠商進口棉籽的流向，在查驗8家廠商後，初步檢查結果沒有發現問題，棉籽也沒有被拿去榨油。
農委會主委陳保基6日出席立法院經濟委員會時向媒體表示，台灣進口的棉籽有2種用途，主要當作牛、羊的飼料；另一部分就是壓成有機肥料。根據農委會5日的查證結果，廠商的用料跟出售商品都相符合。
陳保基表示，農委會也實地到頂新公司查證，銷售量也都符合紀錄。他說：『(原音)他有的200多噸是賣去當飼料，另外700多噸是拿來做有機肥，有機肥的量經我們查的結果，大概有4%的耗損，跟他的銷售量都符合。』
農委會畜牧處5日表示，700多公噸肥料流向還要再追查確認，已取回壓碎的棉籽樣本要再檢驗油脂含量是否正常，假設低於正常值，就疑似有榨取油脂作為其他用途的疑慮，相關檢驗最快2到3天出爐。