金門地檢署6月間發現2袋被棄置的醫療廢棄物，指揮環境保護警察隊第二中隊、調查局福建省調查處等單位，並經環保署環境督察總隊中區督察大隊、北區督察大隊及金門縣政府環保局協助，搜索6個地點，在醫療廢棄物公司搜出相關帳冊、證物。
檢方認定，醫療廢棄物清理公司陳姓負責人等7人，涉嫌在民國99年、100年間，分別或共同在清除處理金門醫院生物醫療廢棄物過程中，由公司提供虛增不實重量的假磅單或在裝有金門醫院生物醫療廢棄物的塑膠袋內充塞濕尿布等方式，虛增生物醫療廢棄物重量。
檢方指出，陳男等人涉嫌在管制遞送三聯單及清運廢棄物進廠證明單等資料不實記載，且分別上網連結到環保署的網站為不實申報，事後向金門醫院詐領清除處理費共計約新台幣440萬餘元。
檢方表示，陳男等人自99年3月間到101年1月間，多次以交付現金及到有女陪侍的酒店招待飲宴，涉嫌行賄楊姓員工，總計楊男收受賄款70萬2000元、收受免費飲宴不正利益價額共計約6萬餘元。