根據日本共同通信社報導，日本新聞協會2日對於將對洩密公務員強化罰則的《特定秘密保護法案》表達「強烈危懼」，並向政府提出意見書，指稱「新聞取材及報導的自由不容限制，(該法案)恐將損及國民知的權利。」
《特定秘密保護法案》特別規範了若有保密之必要，由內閣官員指定為特定機密後，若外洩此機密將課予罰則。日本新聞協會在意見書指摘，「究竟何者該當特定秘密的核可確認機制付諸闕如，如此則可能存在政府將對自身不利的情報恣意指定為機密，以對國民隱匿必要情報資訊的相關疑慮。」
根據日本《朝日新聞》報導，對於安倍政權預定向臨時國會的《特定秘密保護法案》，日本新聞協會基於「政府及行政機關在運行時，不容制約憲法所保障的新聞取材及報導的自由。(該法案)最終恐將損及『國民知的權利』」，向負責該法案的大臣森雅子(MORI, Masako)提出表明「強烈危懼」的意見書。
意見書中要求《特定秘密保護法案》應「有必要明確規範適用對象和範圍」，並指摘該法案對於洩密者嚴刑峻罰的部分，是否將可能使得公務員全體對於資訊公開的態度產生寒蟬效應、畏縮不前，引發質疑。日本新聞協會表達疑慮，新聞媒體正當取材不容成為罰則的對象，協會明確表示，「(該法案)應增加明文規定，新聞取材及報導的自由不容侵害。」
2011年當時的執政黨民主黨正在檢討《秘密保全法案》時，日本新聞協會那時也曾向政府提出反對的意見書。
*日本新聞協會2日公開的「關於特定秘密保護法案意見書」(全文)：
針對政府準備向國會提出的特定秘密保護法案，日本新聞協會在此表明意見。日本新聞協會亦曾在2011年11月對當時民主黨政權正在檢討中、準備制定的《秘密保全法制》表達反對的意見。
反對的理由為，應保全祕密的範圍恐將恣意擴張，公務員恐懼嚴刑峻罰可能因此不回應新聞媒體的取材訪問，「國民知的權利」以及新聞取材報導的自由不容阻礙等。最近政府根據當時法制的公論研討，公布了《特定秘密保護法案》的概要，但是我們當時至今的疑慮懸念仍難以消除。
法案概要大分為「防衛」、「外交」、「安全威脅活動的防止」、「恐怖活動的防止」等4大領域中，對國家安全保障恐生重大不利影響時，行政機關長官得將隱匿必要性特別高的情報資訊指定為「特定秘密」，至於何等事項該當於此類特定秘密，則另行由法案附錄限定記載之。
但是，究竟何者該當特定秘密的核可確認機制付諸闕如。再者，附錄規定僅為抽象規定，對於政府及行政機關來說，依然可能存在政府將對自身不利的情報恣意指定為機密，作為對國民隱匿必要情報資訊的手段的相關疑慮。因此有必要更加明確規範(該法的)適用對象和範圍。
對於(該法案)嚴刑峻罰化的影響所產生的疑慮也難以消除。對於特定秘密的洩漏，將處以10年以下有期徒刑，相較於《國家公務員法》、《地方公務員法》為1年以下有期徒刑，《自衛隊法》為5年以下有期徒刑而言，刑度大幅加重。公務員是否會因此對於資訊公開的態度產生寒蟬效應、過度畏縮，令人質疑。由於《個人資訊保護法》全面實施，對於社會存立不可欠缺的情報資訊流通，已經產生抑制阻礙的現象，根據該法案予以嚴刑重罰，恐將使得如此狀態積重難返。
再者，鼓動特定秘密的洩漏及取得等行為，也被作為處罰對象，將無法避免新聞媒體正當取材進行中的行為，可能被認定為「教唆」、「慫恿」，因而被問罪究責的疑慮。因此，應(於該法中)加入明文規定：「不得侵害新聞取材及報導的自由。」
雖然根據法案擴大解釋，將制定不得不當侵害基本人權的相關規定，但是所謂「不當」的範圍並不明確，而且亦未提供相關保證，在政府及行政機關運行時，將可能因此制約侵害了憲法所保障的新聞取材及報導的自由。其結果，恐將損及作為民主主義根基主幹的「國民知的權利」。關於這一點，日本新聞協會在此表明強烈危懼。