立法院長王金平日前決定不向國民黨提出申訴，一切都按照法律程序。馬英九總統2日表示，申訴期限未到，他以國民黨主席的身分鼓勵王金平向廉能委員會提出申訴，這是黨員權利，王金平應該考慮提出。
總統說：『(原音)王院長既然強調他沒有關說，我覺得他更應該利用這個機制，在黨內進行申訴，如果他提出足夠的證據來還他清白。』
總統指出，與王金平是多年朋友，2年前國民黨還特別修改不分區立委提名辦法，對王金平可說是非常重視；總統強調，他與王金平之間沒有仇恨，外界所說「滅王計畫」完全是子虛烏有，處理關說案純粹是就事論事，若換成別人涉入關說，他的態度都會一樣。
針對國民黨撤銷王金平黨籍的程序問題，總統表示，政黨並非司法機關，不用等到定罪才做出處分，只要影響黨譽便可採取行動，這種做法從林益世涉貪案以來都是這樣處理，因此就實務上而言，王金平黨籍的處理程序沒有過當問題。