賴清德再次解釋，拆遷戶對此案有幾點誤解，一是此案路線東移核定是九十八年九月行政院核定，並非他上任後才更改核定路線東移。
其次，南鐵案與大埔案性質完全不同，苗栗大埔案是縣府要開發農地，以區段徵收向人民徵地，土地變更為高價值的工、商業用地，地價會提高；南鐵案是用一般徵收，徵收的市民土地及台鐵原軌用地都將用於公園道路，沒有土地會被財團開發炒作牟利。
賴清德表示，南鐵案是交通部主導執行，南市府本於義務配合中央重大政策、辦理都市計畫變更，經市府專業評估，認為行政院版較自救會版優，才採用行政院版繼續推動。
但對拆遷戶所受衝擊，市府感同身受，才在法定補償之外，另提國內首創的「照顧住宅方案」，於台鐵舊南台南站旁選定區位極佳的地點興建照顧住宅，以成本價供拆遷戶選購。