上海自貿區並將外商投資企業合同章程審批，改為備案管理。
「上海市人民政府關於公布『中國(上海)自由貿易試驗區外商投資准入特別管理措施（負面清單）（2013年）』的公告」，已在上海自貿區官網上公布。
公告指出，除列明的外商投資准入特別管理措施，禁止（限制）外商投資大陸禁止的產業，及中國大陸締結或參加的國際條約規定禁止（限制）的產業；禁止外商投資危害國家安全和社會安全的項目；禁止從事損害社會公共利益的經營活動等之外，不列入禁止的產業，外資都可投資和進入市場。
自貿區內的外資併購、外國投資者對上市公司的戰略投資、境外投資者以大陸境內企業股權出資，應符合相關規定要求；涉及大陸國家安全審查、反壟斷審查者，也要按照相關規定辦理。
根據外商投資法律法規和自貿試驗區發展需要，負面清單將適時調整。
負面清單管理模式是這次上海自貿區的關鍵內容。
這份公告說明，台灣、香港和澳門投資者在上海自貿區內投資，參照負面清單執行。
但大陸與港澳「關於建立更緊密經貿關係的安排（CEPA）」及補充協議；兩岸的「海峽兩岸經濟合作架構協議（ECFA）」及後續「海峽兩岸服務貿易協議」；大陸簽署的自貿協定，若有更優惠開放措施，則按照相關協議或協定執行。
根據負面清單，上海自貿區禁止外商投資新聞機構和出版業務，也禁止投資高爾夫球場、大型主題公園、網咖、博彩和色情業。
上海自貿區限制投資電影院，廣播電視節目和電影製作限於合作，禁止投資廣播電視節目製作經營公司、電影製作公司、發行公司和院線公司。