水災引發治水爭議，內政部次長蕭家淇今天點名南投縣、台東縣、嘉義縣等地，編列雨水下水道經費偏低；每個縣民分配到的經費「比一個茶葉蛋還要少」。他認為，很多縣市以治水經費不夠才會導致淹水，據以向中央政府要補助；但依照法律規定，排水是屬於地方自治事項。
南投縣代理縣長陳志清說，中央補助南投縣的下水道工程費少，縣府編的維護費自然較少。
陳志清說，中央8年800億治水預算，南投縣不管水利署的堤防工程或營建署的雨水下水道工程經費，每年獲補助的數目都不能與五都或南部其他縣市相提並論，中央補助南投興建的工程少，相對編列的維護費自然也較少。
嘉義縣水利處表示，雨水下水道是都市計畫的排水，嘉義縣符合都市計畫的區域本來就不到50％，內政部將一個都市化指標的標準套用在嘉義縣，是一項錯誤比較。
台東縣長黃健庭說，他不曉得內政部所指的雨水下水道經費哪個科目，台東每年都編列6000多萬排水問題相關經費，目前只剩下維護問題。