李應元指出，這次大水民眾家園泡水，生命財產飽受損害，現行各縣市淹水區住宅補助，由各地方政府依其環境條件、財政狀況及受災損害情形自行發放，這對財政困難的縣市極不公平，以雲林縣為例，五十公分以上，每戶僅能補助五千元，但台北市、新北市卻補助一萬元，嘉義縣、台南市則有四萬元，高雄市更有四萬五千元，同國不同命。
針對地方的要求，行政院長江宜樺指出，對於淹水五十公分以上的受災戶，中央政府每戶將發給新台幣二萬元的淹水救助金；對於房屋倒塌的受災戶，每戶每人發給二萬元搬遷救助金；衛生福利部的馬上關懷急難救助金有約一萬至三萬元補助；此外，還有賑災基金會亦可提供一萬至三萬元的補助。這是法定範圍內，政府提供受災民眾補助部分。