在軍事審判法修正條文公布後，國防部展開史上第一次軍囚移監作業，有軍囚家屬擔心移往法務部所屬監獄後，可能出現軍囚被霸凌的情況。
對此，法務部政務次長陳明堂在立法院受訪時表示，家屬不用有這種掛慮，他強調，獄方會按照犯罪類型與學經歷一一分類。陳明堂說：『(原音)應該不必有這種掛慮啦，我們會按照他犯罪類型、過去學經歷等等來妥適分類處理，同時也會防止霸凌或對受刑人有不當處遇的問題，遇到這種事情的可能性，我們也希望家屬或當事人可以及時跟我們申訴』
陳明堂指出，現有監獄確實嚴重超額，所以移監作業還是選擇中南部超額不太嚴重的監獄為主。他也強調，軍囚移到普通監獄之後，不論軍階，所有人的處遇都一樣。陳明堂說：『(原音)受刑人在監獄裡面服刑也應該基於平等原則，如果是收容場所本來就這麼狹窄，那任何人也不能無故請求有特殊待遇。』
陳明堂強調，軍囚的待遇比照一般受刑人，不過如果有生病的情況，為考量醫療人權，還是會有不同做法。