軍審修法上路後，軍審案件分兩階段移交司法系統，包括陸海空軍刑法凌虐部屬、違法懲罰等罪，今天新法生效立即移交；至於其他軍法案件，預計5個月內再陸續移轉。軍事監獄受刑人也分兩階段移監。
台南軍事監獄今天有254名受刑人，同步移監到全國11處監獄，包括宜蘭監獄、屏東監獄、高雄監獄、新竹監獄、彰化監獄、台北監獄等，各監所對應的地檢署將派檢察官，對軍事犯進行人別訊問後辦理入監手續。
移監名單之中，備受矚目者包括涉及拉法葉艦軍購弊案的前海軍上校郭力恆、共諜案的前陸軍少將羅賢哲、貪汙案的前陸軍六軍團指揮官程士瑜中將、前中科院長陳友武中將、前憲兵司令何雍堅中將。他們預計將被移監到台北監獄，以後不再享有差別待遇，牢房比照一般受刑人，勞役也依缺工比例安排。
至於高雄、桃園兩地的軍事看守所共羈押51人，軍事假釋中付保護管束有78人，也會移交給矯正署旗下的監所接手執行業務。
軍法機關第一階段會移交204件偵查未結案案件，幾乎都以犯罪地為原則，分別移送給最高法院檢察署、台灣高等法院檢察署、台灣高等法院台南分院檢察署、台北地檢署等20個檢察署。