自由經濟示範區第一階段由自貿港區先行啟動，安平港也成為一員。臺灣港務公司初估，營運初期可創造250個就業機會、增加稅收新台幣1,800萬元，若「前店後廠」運作順利，後續帶動的就業機會與產值將更為成長。
經建會表示，安平港鄰近安平工業區、南部科學園區及台南科工區；且雲嘉南地區是農漁產業重鎮，後續可透過示範區的連線運作，與周邊產業供應鏈整合，並與對岸相關產業發展跨境合作。目前安平港已與潛在業者接洽，涵蓋業別包括石化產品、非鐵金屬、體育休閒用品、空調設備、汽車零組件、農產品、中藥食材加工等農工產業。
交通部表示，安平港成為自由貿易港區後，對內可支援高雄港自由港區事業擴大營運的需求、結合鄰近產業聚落，促進「前店後廠」營運模式、利用在地優勢發展農產品加值運銷業務；對外則強化與大陸海西經濟特區的經貿關係，並創造廠商製造、倉儲、物流、轉口、轉運、簡易加工、委外加工等一貫作業優勢，以縮短供貨時間，節省運輸成本，成為跨海峽兩岸供應鏈的重要整合基地。