家畜衛生試驗所針對自去年5月陸續發現因狂犬病死亡的9隻鼬獾和1隻錢鼠進行病毒基因序列分析，結果發現，狂犬病病毒依照台灣地理區域的差異性，已區分為3個族群，其中，台東的病毒株為一群，雲林、台南和高雄的病毒株為一群，台中、南投又是另一群。
從醣蛋白和核蛋白核酸序列分析也可以發現，台灣的狂犬病病毒和中國大陸的病毒株最相近，至於是否是因走私將狂犬病毒帶進台灣，家衛所所長蔡向榮表示，雖然無法百分百確定，但可能性極高。他說：『(原音)如果我們的序列和大陸分離株比較，大概87.8%到89.6%，稍微有點距離，但在所有基因庫的狂犬病病毒的基因序列裏，還是和中國大陸的分離株最相似。』
蔡向榮也指出，由於病毒已可區分成不同族群，顯示已存於台灣一段時間，至於有多久，則要由演化專家分析。他並認為，提高犬、貓施打疫苗的比例，是目前防疫最重要的工作。