桃園地檢署偵辦滅證部分，經過連日來抽絲剝繭，從第1階段，先過濾1900多個影像檔案後，瞭解禁閉室內外的監視錄影器畫面後，掌握最基本的事證；同時將檔案移由調查局協助鑑識硬碟資料是否遭竄改或覆蓋。
第2階段，從錄影器畫面與監視錄影器的周邊線路下手，釐清誰摸過監視器管線，誰移動監視器，並且採集所有指紋，再一一排除涉案人。
第3階段，傳喚禁閉室戒護士、在同一時間點前後出入的人員與廠商說明，瞭解影像內容會出現「黑畫面」的可能原因。
經過多方比對釐清後，專案小組人員也發現，禁閉室內外的監視畫面的線路，年久失修，且曝曬在陽光下，導致訊號不良，影帶斷斷續續，在洪仲丘未進禁閉室前，已經有幾個監視器畫面有如此狀況。
另外，調查局鑑識硬碟無人為的覆寫，也成為關鍵證據之一，使得全案在滅證案部分，幾乎證實無人動手腳，至於有無人為疏失，檢方也會在結案中說明。
桃檢經過多日不眠不休偵辦，專案小組在每天偵辦進度結束後，還要開會到凌晨2、3時，也讓專案小組幾乎累癱了。
目前偵結內容進入最後文字內容撰寫部分，檢方也開始籌劃如何公布最後結果內容的時程，包括在記者會中，提出關鍵影像、文字、時間序列等經過，讓外界釋疑。