陸軍542旅下士洪仲丘6月23日19點收假返營，因為遭查獲攜帶照相手機與MP3，而遭到移送士評會。上士范佐憲擔任主席，主導士評會將洪仲丘移送禁閉。洪仲丘在禁閉期間，疑似遭到凌虐，非人道待遇，導致最後熱衰竭致死。
在洪仲丘移送禁閉前，542旅旅長沈威志雖然接獲洪的求救簡訊，並交代政戰主任戴家有處理，然而由於輕忽事情嚴重性，最後仍導致洪仲丘喪命的憾事發生。此案也因媒體大肆報導，成為舉國關注事件，各界也開始檢討軍中不當管教、人權問題。
542旅副旅長何江忠因為曾對連長徐信正少校表示:「不關洪仲丘，就關你!」因而被認為向部屬施壓，而成為本案第一個遭到收押的軍官。
洪仲丘死亡案中，主導士評會關洪仲丘禁閉的范佐憲，被視為全案關鍵人物，同時也遭到軍檢收押。在范遭收押期間，除被爆出涉嫌買飲料向醫院賄賂，讓洪仲丘的體檢表提早出爐，更被爆出開設地下職棒簽賭站、色情護膚站等。
不過，根據軍檢檢視都可(COCO)飲料店與陸軍813醫院監視錄影畫面，認定范佐憲與上士陳以人並未以飲料賄賂醫護人員。針對范是否有營外不法兼營副業，軍檢已與桃園地檢署共同偵辦。
269旅禁閉室監視器在7月1日1400至1542時畫面無畫面，也引發諸多爭論。洪仲丘家屬與在野黨立委認為，這段時間的畫面消失為人為刪除，目的為掩蓋洪仲丘在禁閉室遭虐待的真相。
軍檢則引用法務部調查局鑑定報告，確認監視器系統硬碟內當日錄存之影像檔未遭刪除、6月28日至7月3日連續畫面攝錄畫面始終在同一位置，指向禁閉室的8號鏡頭並未遭到人為之扳動調整。
針對洪仲丘的死因，更引發法醫高大成、台大醫院創傷醫學部主任柯文哲、三軍總醫院的隔空交火。高大成曾表示，洪仲丘是被淹死的；柯文哲認為洪肺部內沒空氣，是因為三總急救時安裝葉克膜所致。
根據高軍檢在31日公布的報告稱，洪仲丘致死包括氣溫因素、環境因素、生理因素與物理等4種因素，導致洪仲丘中暑及併發嚴重合併症而死亡。
經過28天偵辦，軍檢31日上午公布偵結起訴結果，包括542旅旅長沈威志等18人遭到提起公訴。
軍檢署31日上午舉行記者會，公布洪仲丘案偵查結果，包括542旅旅長沈威志、副旅長何江忠、連長徐信正、副連長劉延俊、上士范佐憲、士官長陳以人等6人涉嫌違反刑法第28條、陸海空軍刑法第45條第2項「共同對部屬施以法定種類以外之處罰」、陸海空軍刑法第76條第1項第2款、刑法第134條、第302條「共同職權妨礙自由等罪」。
269旅禁閉室室長蕭志明、副室長羅濟元、禁閉士管理士宋浩群、李念祖、陳嘉祥、李侑政、黃冠鈞、黃聖筌、張豐政及侯孟南等10人，涉犯業務過失致人於死。269旅憲兵官郭毓龍，涉犯「公務員假借職務上之權力，以其他非法方法，剝奪人之行動自由」。
在起訴名單中，269旅禁閉室管理士陳毅勳，涉犯上官藉勢凌虐軍人、上官藉勢凌虐軍人致人於死罪嫌，最重可處無期徒刑，起訴罪行為18人最重。
對於軍檢的偵結報告，洪家家屬則是認為沒有還原真相；作家九把刀認為軍檢報告指出，洪仲丘拒絕背值星、竄改體測成績，才導致志願役士官不滿，對洪展開報復，根本是把責任推卸給死者。