軍檢認定查無實據有長官指示陳毅勳凌虐洪仲丘，陳毅勳的犯行沒有其他長官授意，「純粹是出於自己的凌虐犯為」。
成功大學交通管理系畢業的陸軍義務役下士洪仲丘原本7月6日就要退伍，最後一次放假歸營後，被發現攜帶有照相功能的手機，6月28日被送到楊梅高山頂營區關禁閉（悔過）。7月3日在營區體能訓練後身體不適送醫不治，引發民怨沸騰，網友發起遊行，包圍國防部。
為平息民怨，軍方祭出多波行政懲處，層級達陸軍司令李翔宙，另移送多人法辦；國防部長高華柱請辭獲准，由副部長楊念祖接任。
軍檢偵辦多日後偵結，上午召開記者會公布偵結報告，18人遭起訴，沈威志、前副旅長何江忠、旅部連長徐信正、副連長劉延俊、上士范佐憲、士官長陳以人，被控涉犯共同對部屬施以法定種類以外處罰、共同職權妨害自由，遭起訴，軍檢並請從重量刑。
禁閉室室長蕭志明、副室長羅濟元、禁閉士管理士宋浩群、李念祖、陳嘉祥、李侑政、黃冠鈞、黃聖筌、張豐政及侯孟南等10人，涉犯業務過失致人於死。269旅憲兵官郭毓龍，涉犯「公務員假借職務上之權力，以其他非法方法，剝奪人之行動自由」。
其中，269旅禁閉室管理士陳毅勳，涉犯上官藉勢凌虐軍人、上官藉勢凌虐軍人致人於死罪嫌，最重可處無期徒刑，起訴罪行為18人最重。
北部地方軍事法院檢察署檢察長吳逸聖表示，軍檢認定陳毅勳涉上官凌虐致死罪嫌，主要根據陳毅勳的犯行；專案小組調查結果，傳訊相關證人，比對相關當事人通聯紀錄，查無實據有長官指示陳毅勳凌虐洪仲丘，陳毅勳的犯行沒有其他長官授意，「純粹是出於自己的凌虐犯為」。
軍檢調查，陳毅勳在7月3日上午6時至7時間體能活動期間，在禁閉室戶外操練場，基於凌虐犯意，挾自己身為管理士的威勢，分別對洪仲丘等人施以嚴酷的體能訓練，訓練項目與強度遠甚於其他管理士的施訓，使人達到肉體上不堪忍受而有殘酷虐待之感。
在送洪仲丘悔過處分部分，軍檢報告指出，6月24日上午7時許，劉延俊偕同徐信正及范佐憲討論，徐、范二人因對洪仲丘曾於102年5月6日竄改個人體測成績以爭取提早假而遭查獲，洪仲丘表示日後欲考公職，不希望留下污點，才改罰勤7天，洪事後卻以退伍在即而提出免除值星班長勤務等，早已心生不滿。
3人都意圖藉此機會教訓洪仲丘，所以基於共同犯意的聯絡，決定利用徐信正身為連長，對士官有悔過懲罰的職權，將洪仲丘送至禁閉室。
在士評會上，范佐憲擔任主席，范佐憲主動提議應對洪仲丘施以禁閉7天懲罰，部分委員以洪退伍在即，提議對洪施以較輕微的罰勤或禁足懲罰，范佐憲反對。
陳以人為確保洪仲丘能在退伍前受悔過懲罰，並向徐信正提議尋求何江忠協處。
報告指出，何江忠除向徐信正、陳以人表示將詢問269旅悔過室是否尚有空床位。另外，還要求徐信正應儘快完成洪仲丘等人懲罰案上呈事宜。
何江忠6月27日返營得知旅部連尚未呈報洪仲丘悔過案，並在晚餐期間在旅餐廳內當面告訴徐信正「如果不趕快把他（洪仲丘）抓去關，我就抓你去關！」
報告指出，沈威志收到洪仲丘生前所傳簡訊，未查明「身心狀況不佳」、「程序合法性」等異常情形，輕率給予核定悔過懲罰案簽呈。