台灣鐵路管理局推動捷運化，加上汰換老舊車輛，新採購296輛EMU800型通勤電聯車，2011年1月由台灣車輛公司得標，原本去年9月14日就要交出第1批16輛列車。
不過，交車前台鐵發現台車公司在未告知情形下，擅自更改煞車系統，未使用合約中第1順位的德國系統，而是採用第2順位的日本系統。
台鐵與台車在變更EMU800型列車煞車系統上引發爭議，交由公共工程委員會調解。台鐵在6月初接受工程會建議，考量公共利益，接受第2順位煞車系統，同時由台車公司扣除差價。
台鐵表示，296輛新電聯車總價為新台幣154億3900多萬元，煞車系統因更換廠牌，可由契約總價扣除約1億元。
台鐵新電聯車預定民國103年春節上路。另原計畫104年7月全部交車完畢的時程，也將延到105年1月。