陸軍下士洪仲丘死亡案引發民眾對軍中申訴制度的關切，國防部晚間公布「『洪仲丘下士死亡案』教訓與國軍改革人權保障作為」草案，其中對於「落實申訴制度」，大幅提升申訴處理層級，並將自7月31日策頒「國軍1985諮詢服務專線」精進作法，9月份逐級驗證執行成效。
根據國防部草案，為保障申訴人員免受困擾，申訴處理層級將由現行連級，跨越營級、旅級，大幅提升三個層級，至軍團、防衛部（海、空軍比照），並採取保護措施。
申訴執行部分，各單位接獲案件後，應儘速簽呈主官後查明處理，各類申訴案件處理權責，提升至各軍司令部及軍團相關業管單位，周延案件處理適處性與時效。
草案規定，調查人員調查案情時，應遵守相關保密規定，防範申訴人身分揭露；軍團級監察部門於申訴錄案日起一年內，應定期追蹤申訴人是否遭受刁難或不當情事。
申訴案件若事涉領導統御、不法情事及人身安全等情事，草案明訂，為避免申訴人或與其有密切利害關係人員遭報復，應視案情需要，由軍團級以上單位，主動調整申訴人及相關佐證人員服務單位，避免後續影響。