未來，中國的農產品包括毛豆、茶葉、香菇等，只要在自經區做分類、加工、包裝等處理，就可用ＭＩＴ品牌出口，不僅直接衝擊我農產品外銷市場，萬一中國農產品有農藥殘留，台灣產品的良好聲譽恐毀於一旦。
何況，若區內「前店」有需求，均可在各地的「後廠」接受委託加工，難保中國農產品不會藉加工運輸過程流入境內市場，最後使得全台「淪陷」。
國際醫療部分，台灣醫療改革基金會研究員李芸婷表示，衛福部宣稱醫療專區盈餘能挹注健保，完全沒有說服力；專區能讓人才回流，更是天方夜譚。醫改會認為，為了做好專區內的醫美、健檢服務，必然把區外技術好、經驗豐富的醫療人員挖走，加重五大皆空的人力失衡慘況。