衛生署體系即將進入歷史，登場的是衛福部體系；為因應台灣少子化、人口急速老化的情形，雲林縣積極針對生育率提升、長者健康照護、落實癌症防治以提升民眾生活品質等各項議題，投入相當之資源與努力，期望未來更能全方位照顧民眾心理、生理健康。
為了提升全國生育率，雲林縣積極宣導婚姻與家庭的價值性，鼓勵未婚青年結婚與生育，提高有偶率，並強調女孩男孩一樣好，生來通通都是寶，落實兒童保護的觀念。另一方面更推動母嬰親善及加強公共場所及職場親善環境之建立，營造母嬰親善的哺乳環境，提供10次免費產前檢查、全面性孕婦乙型鏈球菌篩檢，新住民懷孕婦女設籍前未納健保之產前檢查補助，於懷孕期間均能受到規律的產前檢查措施，保護其母子健康。
因應高齡化現況，讓長者可以健康的在地老化成為重要議題，雲林縣除了透過多元化的社區宣導，辦理健康飲食、規律運動、口腔保健、用藥安全議題，亦結合社區辦理各項老人健康促進活動，如社區整合式篩檢、癌症篩檢等健康服務、健康促進競賽活動等，提供高齡者健康服務、社會參與，期使長者達身、心、社會全面健康。
基於公共衛生三段五級之預防原則，雲林縣更積賞推動乳癌、子宮頸癌、大腸癌及口腔癌四大癌症篩檢服務，針對偏遠地區及醫療資源缺乏之鄉鎮採定點設站之篩檢服務，為達篩檢之普及性，鼓勵身心障礙及行動不便之民眾積極參與，以專車接送及到宅服務方式提升癌症篩檢之利用率，並透過各種宣導活動協助癌症篩檢業務之推廣，本縣於101年度完成乳癌篩檢人數達1萬7,855人、子宮頸癌篩檢1萬6,137人、大腸癌篩檢2萬9,130人、口腔癌篩檢3萬3,872人。
雲林縣101年底老年人口數已達15.49%，為照顧失能老人，自94年7月在斗六市成立長期照顧管理中心總站，且於102年3月4日成立長期照顧管理中心北港分站，提供長期照顧「單一窗口服務」，中心服務內容有長照資源管理（蒐集縣內所有長期照護相關機構、人力及社會資源）、照顧服務管理（每位個案自收案、評估、轉介至結案，皆由中心照顧管理專員連續性追蹤管理）、轉介服務（暸解失能者需求，協助轉介適當的機構或服務，並追蹤個案轉介狀況，予以聯繫服務）。
目前政府提供10項長期照顧服務補助，有居家護理、居家復建、喘息服務、居家服務、日間照顧、家庭托顧、餐飲服務、交通接送、輔具購買租借及居家無障礙環境改善及長照機構服務等。讓更多失能民眾能接受使用長期照顧服務，照顧者能得到適當休息，受照顧者亦能接受最適切的照護及即時性服務，提供親民、便民、快速之服務，讓民眾安心、放心。需要申請長照服務的民眾，以市話撥打長照專線4128080或05-7839527將有專人為您服務。