行政院衛生署表示，這是自民國六十年衛生署成立以來，最大幅的變革，以能因應人口結構的改變及新型態社會的挑戰，強化健康及福利照顧，及全方位照顧國人生、心理及社會各層面，並符合WHO全方位覆蓋( Universal Coverage )的世界潮流。
將掛牌成立的衛生福利部是由原衛生署署內單位(含任務編組)與5個所屬機關，加上內政部社會司、兒童局、家庭暴力及性侵害防治委員會、國民年金監理會，以及教育部國立中國醫藥研究所等單位整合而成，經過重新規劃為8司6處及6個所屬三級機關(構)。
此外，除原有26家衛生署醫院，並移入13家原隸屬內政部之社會福利機構。內政部也配合這次業務移撥隨同移撥人員共計1291人，未來內政部配合行政院組織調整，內政部現有國家公園、下水道、營造產業及農民健康保險等業務、預定將再移撥至環境資源部、交通建設部及農業部。