相關官員表示，兩岸服務貿易協議中，台灣不提供大陸「最惠國待遇」及「國民待遇」，所有來台陸資都要經過審查，陸資來台的主控權仍在台灣。
此外，官員說，有關擔心大陸市場「潛規則」的問題，文本第6條明文規範要求強化協議執行效率，第18條也載明聯繫機制；若開放後造成負面影響，文本第8條也規定可要求緊急磋商，尋求解決方案。
官員指出，陸資來台投資前，「每一件都要送投審會」，若發現有大陸軍方投資或軍事目的、經濟上壟斷、影響國家安全或經濟穩定者，都禁止投資；陸資若通過審查進入投資後，也會持續管理，查核是否有實際生產，或調查是否有其他不法活動。
陸資若有違反規定的情形，主管單位可以限期停止或要求撤回投資。
經濟部曾對外表示，為因應貿易自由化對產業可能的衝擊，行政院已編列952億元經費，於「振興輔導」、「體質調整」、「損害救濟」3方面支援產業。目前經濟部也正會同主管機關，針對可能受服貿開放衝擊的產業，提出輔導措施並編列經費，將報行政院核定後對外公布。
有關官員認為，服貿協議簽署後的整體平均效應利大於弊，雖難免對部分產業產生影響，但政府針對相關產業均有審慎的評估與配套，除了經濟方面的利多，也向國際展示台灣貿易自由化的準備，有助進一步融入區域經濟整合。
行政院大陸委員會日前也指出，服貿協議可幫助台灣服務業進入大陸市場，增加台灣競爭力，也使陸資來台，活絡經濟提升就業；同時，簽署服貿協議是台灣與新加坡、紐西蘭、美國洽簽自由貿易協定或相關經濟合作協議的重要指標。