市長賴清德17日籲請國防部全面檢討軍中管教方式，維護基本人權。他表示，服役過的人都戲稱軍中合理的要求是訓練，不合理的要求是磨練；但長期以來，軍中一直是封閉的社會，也是一個自我保護最徹底的機關，因為國家安全的大傘下，幾乎可以排除一切行政透明化的基本要求，成為落實民主法治國家的諷刺。
賴市長17日在主持市政會議時說，這兩週台灣最大社會事件就是成大畢業的高材生洪仲丘在退伍前3天被凌虐致死的駭人聽聞事件，不僅令人不捨、遺憾與痛心，隨著真相的逐漸曝光，更令人難以接受，民主法治國家的台灣居然還有這種情節發生，著實令人氣憤難忍。
賴市長指出，在被害者家屬堅持要求真相下，國防部一層一層的掀開事實，一層一層的究責，這樣的被動與消極，除了讓家屬一再的受傷害外，社會大眾又得到什麼教訓？洪仲丘是成大畢業的學子，且已經考上研究所，服役後原將再回學校深造，前程似錦，卻遭此不幸，為人父母者怎不鼻酸難過？
賴市長籲請國防部要正視此一事件，嚴懲加害人，並全面檢討是否有類此案件被掩蓋？軍中傷害人權的事件都應該被譴責與糾正，應該負責的人應該要坦然面對司法的制裁，接受嚴厲的處罰，才能還給人民一個公道，希望洪仲丘案是最後一個個案，台灣絕不再發生類似的案件。
為確保台南孩子在軍中的生活與人權獲得保障，賴市長特別指示民政局應定期前往關心，另市府已設有「在營軍人及其家屬服務專線」，有2支電話06-3901312、06-6322276，讓在軍中的孩子如有需要伸援或表達意見時，提供管道，避免不幸事件發生，並共同維護民主法治國家應有的尊嚴。