據指出，542旅旅部連運輸班長洪仲丘，平日與弟兄互動不錯，但他對代理士官長陳以仁等志願役士官帶兵時動輒謾罵，很不以為然，連上官兵耳聞，儘管雙方未公開衝突，但彼此互看不順眼，洪仲丘退伍前因違規帶手機入營就被送禁閉，同袍認為士官長逮到機會故意要「釘他」（刁難、找麻煩）。
軍方允追究關禁閉流程
至於將洪仲丘送禁閉的決定，雖經連上的士官評議委員會投票，但由士官長召集的開會人員，名單卻全是志願役士官，沒有任何義務役士官加入，最後更以「6比0」一面倒決議將洪送禁閉，對洪並不公平，軍中質疑士官長根本是找自己人投票，程序大有問題。
洪仲丘得罪542旅幹部在先，又被269旅操死在後，家屬強烈質疑兩者的因果關係。
軍檢昨開庭時，再陪家屬檢視洪仲丘禁閉期間的錄影畫面，未發現特別針對洪仲丘加重體能，但對542旅、269旅的志願役士官之間的關係脈絡，軍事檢察官將追查。
本月4日洪仲丘遭操死這天，下午4點15分的室內溫度達33度，錄影畫面顯示，當日輪值的李念祖下士，戒護洪離開禁閉室至放封室，連洪在內做體能訓練者共4人，戒護士要求的動作都一樣，進行60分鐘後，洪感不適，出現熱衰竭症狀。
但據指出，當天2點到3點，洪仲丘已先操了一堂基本教練課，當時室溫比33度更高；至於應從3點開始的體訓課，則延到4點15分才開始，戒護士李念祖聲稱，就是顧及室溫太高才延後。
有人質疑洪帶照相手機就被禁閉處分，是懲處過當；國防部總督察長室軍督處長張玉龍表示，依現行資安規定是需懲處，至於是否送禁閉，通資部門正在檢討。