根據農委會的統計，台灣去年從紐西蘭進口的農產品金額為6億多美元，出口為629萬，兩者貿易逆差達到6億美元。由於紐西蘭和台灣分屬南、北半球以及溫、亞熱帶，農產品的種類和產期都不同，農委會評估簽署協定對農糧產業影響不大。但由於台紐協定生效後，包括紐西蘭蘋果、櫻桃和奇異果的進口可能增加，農委會擔憂造成國產水果的替代性，因此將針對國內水果產業採取輔導外銷和加工等措施。
農委會也坦承，台紐協定對台灣農業的影響集中在畜牧業。由於紐西蘭是台灣鹿茸唯一的進口國，在降稅或免稅後，鹿茸進口量勢必增加；另外，因為液態乳增加進口，也會衝擊台灣的乳業。農委會表示，未來會加強市場區隔，推動健康管理、標章認證以及開發新產品等措施因應，必要時也將利用「農產品受進口損害救助基金」，對農民提供相關救助，希望能將預估的農產損失從新台幣30億降到15至25億。
農委會副主委胡興華說：『(原音)台灣生產的(鹿茸)，在中高價產品留在台灣，以地產、地銷的方式來進入市場。進口的，我們希望它走其他的加工或是調理的路線，不和原來的市場相衝突。』
農委會表示，協定實施的第1年，從紐國進口的農產品72%達到零關稅，包括奶粉、乳酪、櫻桃和水果等這類對民眾直接有利、對台灣影響較小的農產品；到第4年，將有90.9%農產品零關稅，包括綿羊肉、香蕉和芒果；到了第12年，受影響最大的液態乳和濕鹿茸才會成為零關稅。